Ustrojstvo
Glavna zadaća Sektora za monitoring je osigurati vjerodostojne podatke i objektivne analize o stanju kakvoće površinskih, podzemnih, prijelaznih i priobalnih voda te onečišćenjima voda. U Sektoru za monitoring se obavljaju poslovi ustrojavanja sustava monitoringa (u skladom sa Zakonom o vodama i Zakonom o vodi za ljudsku potrošnju) te se izrađuje plan monitoringa koji je propisan Zakonom o vodama. Sektor je nadležan i za izradu godišnjeg izvješća kojim se tumače rezultati monitoringa, kao i za provođenje dijela monitoringa iz Zakona o vodama putem Glavnog laboratorija za vode (dio putem nabave usluga na tržištu). U poslove Sektora za monitoring spada i pružanje stručne potpore u unutarnjim i međunarodnim odnosima u pitanjima iz svog djelokruga.