Institut za vode Josip Juraj Strossmayer (u daljnjem tekstu Institut) je Javna ustanova čiji je osnivač Republika Hrvatska. Ono što Institut već danas čini posebnim i prepoznatljivim su stručnjaci: doktori znanosti uglavnom u području biologije i kemije, magistri znanosti, magistri struke i tehničari čiji je predmet interesa i djelovanja znanost o vodi s posebnim naglaskom na ispitivanje kakvoće voda. Institut provodi analizu i monitoring voda na području cijele Republike Hrvatske. Osim toga, Institut provodi analize u različitim disciplinama kako bi unaprijedili i razvili integrirane metode koje se koriste za rješavanje složenih ekoloških i društvenih izazova. Jezgru Instituta čini Glavni laboratorij za vode u Hrušćici (općina Rugvica u Zagrebačkoj županiji) i Služba za ispitivanje voda u Šibeniku. Laboratorij obavlja čitav niz poslova u provedbi monitoringa stanja kakvoće voda, monitoring onečišćujućih tvari i otpadnih voda što uključuje: svakodnevni terenski rad obavljanja uzorkovanja i laboratorijski rad analize uzoraka, kontrolu rezultata drugih laboratorija za potrebe Instituta, intervencije tijekom izvanrednih i iznenadnih onečišćenja (ekspertna i operativna razina), prikupljanja, sistematizacije i obrade podataka te prevođenje podataka u informacije ključne za donošenje strateških dokumenata dionika vodnog gospodarstva u Republici Hrvatskoj.

Kratka povijest nastanka

Osnivanje instituta za vode planirano je još 2008. godine Strategijom upravljanja vodama (NN 91/08). Čin njegova osnivanja predstavlja ispunjenje strateške odrednice tog dokumenta (A13) gdje se navodi: „Unaprijediti obavljanje znanstveno-stručnih poslova, poslova pripreme podloga i strateško-planskih dokumenata, pripremu planova upravljanja vodnim područjima, podloga za zakonske i podzakonske akte, osnivanjem znanstveno-stručne institucije za vode, osnivač koje će biti Vlada Republike Hrvatske na prijedlog ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo.“ 
S obzirom da je cjelokupno vodno zakonodavstvo nakon 2008. utemeljeno na postavkama navedenoga nacionalnog strateškog dokumenta o upravljanju vodama, Zakon o vodama iz 2009. godine (NN 153/09) je u članku 222. stavku 1. sadržavao odredbu o opciji osnivanja znanstvene institucije za vode. Ova odredba je egzistirala punih 9 (devet) godina kroz sve izmjene Zakona o vodama (NN 153/09., 63/11., 130/11., 56/13., 14/14. i 46/18.) sve do 18. 7. 2019. godine kada je stupio na snagu danas važeći Zakon o vodama (NN 66/19) i pretvorio opcijsku odredbu u imperativ i realizaciju strateške odrednice (A13) iz Strategije upravljanja vodama. Vlada Republike Hrvatske je 23. prosinca 2021. donijela osnivački akt, Uredbu o osnivanju Instituta za vode Josip Juraj Strossmayer (NN 143/21). Institut nosi ime hrvatskog biskupa, teologa i političara Josipa Jurja Strossmayera koji je bio jedan od istaknutih utemeljitelja središnjih hrvatskih znanstvenih i kulturnih institucija 19. stoljeća. Osim toga, uvažava se kao utemeljitelj organiziranoga vodnog gospodarstva u Hrvatskoj. 
Institut je upisan u sudski registar 23. veljače 2022.

Misija i vizija

Kvalitetno upravljanje prvenstveno počiva na pouzdanim informacijama i njihovoj ispravnoj analitičkoj obradi i interpretaciji, na kojima bi nositelji političke vlasti trebali zasnivati svoje strateške odluke. 

Misija Instituta je pružanje znanstvene i stručne potpore u definiranju vodne politike, njezinoj provedbi te analizi njezinih učinaka. 

Vizija Instituta je postati vodeći rezervoar znanstvene i stručne misli (think tank) u integralnom upravljanju vodama.

Slogan Instituta je „Aqua nostra aurum“.