U svrhu praćenja kakvoće vode i postizanja dobrog ekološkog stanja i potencijala te zaštite površinskih voda, donesena je Okvirna direktiva o vodama, jedan od najvažnijih pravnih dokumenata zemalja članica Europske unije u području upravljanja vodama. U sklopu navedene Direktive, ocjena ekološkog stanja i potencijala površinskih voda temelji se na biološkim elementima kakvoće (BEK) fitoplankton, fitobentos, makrofiti, makrozoobentos i ribe te njima pratećim fizikalno-kemijskim i hidromorfološkim elementima.
Jedan od najvećih negativnih utjecaja na mogućnost postizanja dobrog ekološkog stanja i potencijala u 60% europskih površinskih voda proizlazi iz preopterećenja hranjivim tvarima. Pretjeran unos hranjivih tvari utječe na funkcioniranje ekosustava uz posljedicu ubrzane eutrofikacije i smanjenja bioraznolikosti. Prije svega, povećana koncentracija hranjivih tvari u vodi potiče prekomjeran rast fitoplanktona kao primarnog proizvođača, zbog čega su fitoplanktonski organizmi dobri pokazatelji eutrofikacije u vodenim ekosustavima.
Fitoplankton je izrazito raznolika skupina fotosintetskih cijanobakterija i eukariotskih algi prilagođenih životnim uvjetima u slobodnom stupcu vode. Koristi se kao pokazatelj stanja voda u jezerima i vrlo velikim rijekama, a u Republici Hrvatskoj se prati u 25 znatno promijenjenih i umjetnih i osam prirodnih jezera te na pet postaja u rijekama Dravi i Dunavu tijekom vegetacijskog perioda od šest mjeseci. Većina uzoraka fitoplanktona obrađuje se u Glavnom laboratoriju za vode Instituta za vode Josip Juraj Strossmayer.
Sve jači utjecaj čovjeka na okoliš i prateće klimatske promjene iziskuju veću potrebu za praćenjem kakvoće vode. S obzirom da je klasična mikroskopska analiza vremenski i stručno vrlo zahtjevna što praćenje vodnih tijela čini skupim te vremenski i prostorno ograničavajućim, javlja se potreba za novim pristupima, poput analize okolišne DNA (genetički materijal dobiven izravno iz okoliša bez izolacije određenog organizma).
Posljednjih godina, analiza okolišne DNA intenzivno se koristi i razvija kao novi pristup za praćenje bioloških elementa kakvoće. S obzirom da ovakav pristup predstavlja potencijalnu alternativu klasičnoj analizi, u Instituta za vode Josip Juraj Strossmayer vrše se usporedbe zajednice fitoplanktona obiju metoda. Rezultati istraživanja uvelike pridonose razvoju novih metoda za monitoring fitoplanktona, kako u Republici Hrvatskoj tako i na europskoj razini.
Istraživanja provedena u Institut za vode Josip Juraj Strossmayer pokazuju da je klasična metoda puno pouzdanija za ocjenu stanja voda, međutim za neke druge biološke elemente, poput fitobentosa, pojedine europske zemlje već sada službeno primjenjuju metodu analize okoliše DNA u ocjeni stanja voda. Također, valja ukazati kako fitoplankton u Republici Hrvatskoj ukazuje na povećanu eutrofikaciju ponajviše u vodnim tijelima jezera i rijeka u Panonskoj ekoregiji.
