Zakonom o vodama Glavni laboratorij za vode je proglašen službenim laboratorijem za uzimanje uzoraka i izradu analiza u okviru monitoringa i drugih službenih kontrola voda. Osnovna zadaća Glavnog laboratorija za vode je osigurati vjerodostojne podatke i objektivne analize o stanju kakvoće voda. Glavni laboratorij za vode provodi koordinaciju i objedinjavanje rezultata analiza, monitoring kopnenih površinskih voda sjeverne, središnje, istočne Hrvatske, Istre i Dalmacije i na prekograničnim vodotocima kao i monitoring bioloških pokazatelja na području cijele Hrvatske.
Laboratorij obavlja čitav niz poslova u provedbi monitoringa stanja kakvoće voda, monitoring onečišćujućih tvari i otpadnih voda što uključuje terenski rad obavljanja uzorkovanja i laboratorijski rad analize uzoraka, kontrolu rezultata drugih laboratorija za potrebe Instituta, intervencije tijekom izvanrednih i iznenadnih onečišćenja (ekspertna i operativna razina), prikupljanja, sistematizacije i obrade podataka te prevođenje podataka u informacije. Glavni laboratorij za vode sudjeluje u određivanju nepoznatih opasnih tvari u vodama kao pomoć pri nadopuni nacionalnih propisa, surađuje s ostalim ovlaštenim laboratorijima, sveučilištima, znanstveno-istraživačkim institucijama, zavodima i institutima.
Sastavni dijelovi laboratorija su:
- Služba za ispitivanje anorganskih pokazatelja
- Služba za ispitivanje organskih pokazatelja
- Služba za biološka ispitivanja
- Služba kontrole kvalitete
- Služba za ekotoksiološka ispitivanja
- Služba za ispitivanje voda u Šibeniku
Danas Glavni laboratorij za vode ima 31 djelatnika u Zagrebu i Šibeniku.
Rad u laboratoriju je izuzetno dinamičan i zahtjevan jer se laboratorijske aktivnosti nadovezuju i na primjenu novih znanstvenih spoznaja i analitičkih dostignuća vezanih uz novu i sofisticiranu analitičku opremu koja se odlikuje sve nižim granicama detekcije kako bi kontinuirano pratili zahtjeve iz Okvirne direktive o vodama.